Глубоко законспирированный агент под прикрытием приходит в себя на подводной лодке ЦРУ. В фильме «Черные воды» рассказывается о том, как они предали и захватили широкопрофильного секретного агента Скотта Уилера. Агент ЦРУ быстро разобрался и нейтрализовал гипнотический шприц. Самое печальное, что когда он был схвачен, агенты ЦРУ убили свою
Офицер полиции, все еще скорбит по своей дочери, которая исчезла три года назад при загадочных обстоятельствах. Однажды он случайно встречает в переулке, казалось бы, несговорчивого бездомного, у которого могут быть ответы, которые он так отчаянно ищет.